火神

DOI:10.18129 / B9.bioc.vulcan

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见火神．

使用网络进行虚拟芯片序列数据分析

Bioconductor版本:3.7

Vulcan (VirtUaL ChIP-Seq Analysis through Networks)是一个程序包，可以询问基因调控网络，从而推断出来自ChIP-Seq数据的差异结合签名中显著富集的辅因子。为了做到这一点，我们的包结合了来自不同BioConductor包的策略:DESeq用于数据规范化，ChIPpeakAnno和DiffBind用于注释和定义ChIP-Seq基因组峰，csaw用于定义最佳峰宽，viper用于在差分绑定签名上应用调控网络。

作者:Federico M. Giorgi, Andrew N. Holding, Florian Markowetz

维护者:Federico M. Giorgi < Federico。Giorgi在gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“vulcan”)

文档

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PDF	R脚本	Vulcan:网络虚拟芯片序列分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，GeneExpression，NetworkEnrichment，软件，SystemsBiology
版本	1.2.0
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.4)，ChIPpeakAnno，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，动物园，GenomicRanges，S4Vectors，毒蛇，DiffBind，locfit
进口	wordcloud，csaw，gplots，统计，utils，caTools、图形、DESeq，Biobase
链接
建议	vulcandata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	vulcan_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	vulcan_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	vulcan_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vulcan
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/vulcan/
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