工作流包:chipseqDB

从读取到区域:Bioconductor工作流用于检测ChIP-seq数据中的差异绑定

Bioconductor版本:3.7

本文描述了使用滑动窗口执行DB分析的计算工作流。目的是通过提供详细的代码和预期的输出，促进基于窗口的DB分析的实际实现。这里描述的工作流程适用于任何具有多种实验条件的ChIP-seq实验，以及在一个或多个条件下具有多个生物样本的实验。它以从头的方式检测和总结条件之间的DB区域，即不事先假设绑定区域的位置或宽度。然后根据检测到的区域与标注基因的接近程度进行标注。此外，代码可以很容易地适应批量效应，协变量和多个实验因素。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“chipseqDB”)

文档

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browseVignettes(“chipseqDB”)

超文本标记语言	R脚本	检测小鼠成纤维细胞中CBP的差异结合
超文本标记语言	R脚本	H3K9ac在小鼠B细胞中差异富集的检测
超文本标记语言	R脚本	从读取到区域:Bioconductor工作流用于检测ChIP-seq数据中的差异绑定

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow，工作流
版本	1.2.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，BiocStyle，ChIPpeakAnno，Gviz，Rsamtools，Rsubread，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，csaw，刨边机，knitr，locfit，org.Mm.eg.db，rtracklayer，statmod
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建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
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URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/chipseqDB/
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