工作流程包：Simplesinglecell
分步工作流，用于使用生物导体对单细胞RNA-seq数据进行低水平分析
生物导体版本：3.7
该工作流使用SCRAN，SCOTATER和其他生物导体包进行了SCRNA-SEQ数据的低级分析管道。它描述了如何对文库进行质量控制，细胞特异性偏差的归一化，基本数据探索和细胞周期阶段识别。还显示了检测高度可变基因，显着相关基因和亚群特异性标记基因的程序。这些分析在一系列公开可用的SCRNA-SEC数据集上进行了证明。
作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Davis McCarthy [AUT]，John Marioni [AUT]
维护者：aaron lun
引用（从r内，输入引用（“ simplesinglecell”））：
安装
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文档
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browsevignettes（“ simplesinglecell”）
| html | R脚本 | 分析基于液滴的SCRNA-SEQ数据 |
| html | R脚本 | 分析scrna-seq读取计数数据 |
| html | R脚本 | 分析SCRNA-SEQ UMI计数数据 |
| html | R脚本 | 纠正scrna-seq数据中的批处理效应 |
| html | R脚本 | 分析SCRNA-SEQ数据的进一步策略 |
| html | R脚本 | 用于分析使用R/Bioconductor的单细胞RNA-seq数据的工作流程 |
细节
| 生物浏览 | SingleCellworkFlow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.2.1 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.0），生物使用，，，，尼特，，，，生物比较，，，，RTSNE，，，，mvoutlier，，，，命运，，，，readxl，，，，gdata，，，，Singlecellexperiment，，，，评分，，，，org.mm.eg.db，，，，斯克兰，，，，林玛，，，，pheatmap，，，，DynamiCtreCut，，，，簇，，，，EDGER，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene，，，，scrnaseq，，，，液滴 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.andersvercelli.com/help/workflows/simplesinglecell/ |
| 取决于我 | |
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