ABAEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.ABAEnrichment

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ABAEnrichment．

人脑区基因表达富集

Bioconductor版本:3.8

ABAEnrichment包设计用于测试用户定义的候选基因在不同人脑区域表达的基因集中的富集。核心功能“aba_rich”集成了候选基因集的表达(在捐献者中平均)和使用本体的大脑结构信息，两者都由Allen brain Atlas项目提供。' aba_rich '接口本体充实软件FUNC执行统计分析。这个包中提供的额外函数，如'get_expression'和'plot_expression'，有助于探索表达数据，除了标准候选与背景基因集富集之外，还实现了三个额外的测试，例如，当基因被排序而不是被分为候选和背景时。

作者:Steffi Grote

维护程序:Steffi Grote

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ABAEnrichment")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ABAEnrichment”)

超文本标记语言	R脚本	ABAEnrichment简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor公司	BioC 3.2 (R-3.2)(3.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),gplots(> = 2.14.2),gtools(> = 3.5.0),ABAData(> = 0.99.2),data.table(> = 1.10.4),GOfuncR(>= 1.1.2)， grDevices, stats, utils
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	ABAData
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ABAEnrichment_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	ABAEnrichment_1.12.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ABAEnrichment_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ABAEnrichment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ABAEnrichment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ABAEnrichment/
软件包下载报告	下载数据