ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ALDEx2．

考虑样本变异的差异丰度分析

Bioconductor版本:3.8

对两个或多个条件进行比较的差分丰度分析。用于分析来自标准RNA-seq或元RNA-seq分析的数据，以及从体外序列选择中选择的和未选择的值。使用dirichlet -多项式模型从计数推断丰度，优化为三个或更多的实验重复。该方法根据Wilcox秩检验或Welch t检验(通过aldex.ttest)，或glm和Kruskal-Wallis检验(通过aldex.glm)，推断生物和抽样变异来计算预期的错误发现率。报告p值和Benjamini-Hochberg修正的p值。

作者:Greg Gloor, Ruth Grace Wong, Andrew Fernandes, Arianne Albert, Matt Links, Thomas Quinn，吴佳荣

维护者:Greg Gloor

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ALDEx2”)

PDF	R脚本	在高通量测序实验中测定差异丰度的R包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，DNASeq，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，RNASeq，测序，软件
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(4.5年)
许可证	文件许可
取决于	方法,统计数据
进口	BiocParallel，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment，乘
链接
建议	testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ggloor/ALDEx2
BugReports	https://github.com/ggloor/ALDEx2/issues
取决于我
进口我	omicplotR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ALDEx2_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.14.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ALDEx2_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ALDEx2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ALDEx2/
包下载报告	下载数据