比法特

doi:10.18129/b9.bioc.bifet

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅比法特

无偏置足迹富集测试

生物导体版本:3.8

BIFET确定了TFS在纠正目标区域和背景区域之间的读数和GC内容不平衡引起的偏差之后,与背景区域相比,目标区域中的足迹在目标区域相比具有过高的代表性。对于给定的TF K,BIFET检验了零假设,即目标区具有相同的概率,即在校正读数计数和GC含量偏置的同时对TF K作为背景区域具有足迹。为此,我们将带有TF K,T_K足迹的目标区域数量用作测试统计量,并将P值计算为观察T_K或更多目标区域的概率,并在零假设下使用足迹。

作者:Ahrim Youn [AUT,CRE],Eladio Marquez [AUT],Nathan Lawlor [AUT],Michael Stitzel [aut],Duygu Ucar [aut]

维护者:ahrim Youn

引用(从r内,输入引用(“ Bifet”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ bifet”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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Browsevignettes(“ Bifet”)

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文本 消息

细节

生物浏览 Atacseq,,,,DNASESEQ,,,,表观遗传学,,,,结肠管制,,,,遗传学,,,,免疫学,,,,Ripseq,,,,软件,,,,转录
版本 1.2.1
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(1年)
执照 GPL-3
要看
进口 统计,Poibin,,,,基因组机
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建议 测试,,,,尼特
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包装档案

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源包 bifet_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 bifet_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) bifet_1.2.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bifet
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/bifet
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/bifet/
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