CVE

DOI:10.18129 / B9.bioc.CVE

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见CVE．

癌症变异探索者

Bioconductor版本:3.8

在精确肿瘤学中进行交互式变体优先级的闪亮应用程序。CVE的输入文件是最近发布的Oncotator Variant Annotation工具的输出文件，该工具总结了来自14个与癌症研究相关的不同公开可用资源的以变量为中心的信息。CVE的互动优先级是基于已知的种系和癌症变异，DNA修复基因和功能预测评分。CVE的一个可选特性是探索肿瘤特异性通路上下文，这是通过使用从公开的转录组数据生成的共表达模块来促进的。最后，使用药物基因相互作用数据库(DGIdb)评估优先变异的可药性。

作者:Andreas Mock [aut, cre]

维护者:Andreas Mock < Mock。科学在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CVE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (CVE)

超文本标记语言	R脚本	癌症变异探索者(CVE)教程
超文本标记语言	R脚本	基于TCGA RNAseq数据的加权基因共表达网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)，tidyverse，plyr，ggplot2
进口	闪亮的，ConsensusClusterPlus，RColorBrewer，gplots，jsonlite，猿，WGCNA
链接
建议	knitr，rmarkdown，RTCGAToolbox，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CVE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CVE_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CVE_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CVE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CVE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CVE/
软件包下载报告	下载数据