DEqMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEqMS

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DEqMS．

一种对定量蛋白质组数据进行差异蛋白表达统计分析的工具。

Bioconductor版本:3.8

DEqMS是在Limma基础上开发的。然而，Limma假设所有基因的先验方差相同。在蛋白质组学中，蛋白质丰度估计的准确性随无标记和标记数据中量化的多肽/ pms的数量而变化。用多肽或psm定量蛋白质更准确。DEqMS包能够估计不同数量的pms /多肽量化的蛋白质的不同先验方差，从而获得更好的准确性。该软件包可用于分析无标记和标记的蛋白质组学数据。

作者:Yafeng朱

维护者:Yafeng Zhu < Yafeng。朱在ki.se >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DEqMS”)

超文本标记语言	R脚本	R Markdown小插图
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，DifferentialExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，MultipleComparison，归一化，预处理，蛋白质组学，软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(0.5年)
许可证	LGPL
取决于	R(>= 3.5)，图形，统计，ggplot2，limma(> = 3.34)
进口
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，plyr，matrixStats，reshape2，农场，RColorBrewer跑龙套,ggrepel，pheatmap，ExperimentHub
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/yafeng/DEqMS/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DEqMS_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	DEqMS_1.0.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DEqMS_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEqMS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEqMS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEqMS/
包下载报告	下载数据