该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅富集兄弟。
生物导体版本:3.8
富集兄弟软件包实现了基因表达数据富集分析的基本功能。该分析结合了基于集合和基于网络的富集分析的优势,以得出高信心基因集和生物学途径,这些基因集和生物学途径在所研究的表达数据中受到差异调节。此外,包装有助于对此类集合和途径的可视化和探索。
作者:路德维希·盖斯特林格[AUT,CRE],Gergely Csaba [aut],Mara Santarelli [CTB],Marcel Ramos [CTB],Levi Waldron [CTB],Ralf Zimmer [aut]
维护者:sph.cuny.edu>的路德维格·盖斯林格(Ludwig Geistlinger)
引用(从r内,输入引用(“富集”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ renrichmentbrowser”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“富集”)
R脚本 | 丰富的兄弟手册 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差异性,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,GraphandNetwork,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,途径,,,,rnaseq,,,,报告写作,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 2.12.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.0(R-3.1)(4。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 3.5.0),总结性特征,,,,图形 |
进口 | AnnotationDbi,,,,Biocfilecache,,,,生物管理器,,,,复杂的图像,,,,deseq2,,,,EDASEQ,,,,gseabase,,,,go.db,,,,keggrest,,,,kegggraph,,,,大量的,,,,报告工具,,,,rgraphviz,,,,S4VECTORS,,,,Spia,,,,生物图,,,,EDGER,,,,Geneplotter,,,,石墨,,,,HWRITER,,,,林玛, 方法,PathView,,,,Rappdirs,,,,安全的,,,,topgo |
链接 | |
建议 | 全部,,,,生物使用,,,,呼吸道,,,,HGU95AV2.DB,,,,尼特 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | GSEABENCHMARKER,,,,途径图 |
建议我 | topaseq |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | EnrichmentBrowser_2.12.1.tar.gz |
Windows二进制 | EnrichmentBrowser_2.12.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | EnrichmentBrowser_2.12.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichmentbrowser |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/ronichmentbrowser |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/enrichmentbrowser/ |
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