这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomeGraphs.
Bioconductor版本:3.8
基因组数据分析需要已知基因组信息和新的实验数据的集成可视化。GenomeGraphs使用biomaRt包对Ensembl执行实时注释查询,并将其转换为网格图形包的视口中的基因/转录本结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。GenomeGraphs的另一个优点是可以将不同的数据类型,如阵列CGH、基因表达、测序和其他数据,一起绘制在一个图中,使用相同的基因组坐标系统。
作者:Steffen Durinck
维护人员:Steffen Durinck
引文(从R内,输入引用(“GenomeGraphs”)
):
要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomeGraphs”)
R脚本 | 基因组用户指南 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 微阵列,软件,可视化 |
版本 | 1.42.0 |
在Bioconductor | BioC 2.2 (R-2.7)(11年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 2.10),方法,biomaRt、网格 |
进口 | |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | Genominator,waveTiling |
进口我 | |
建议我 | leeBamViews,益生元,益生元,rMAT,三层 |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GenomeGraphs_1.42.0.tar.gz |
Windows二进制 | GenomeGraphs_1.42.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | GenomeGraphs_1.42.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomeGraphs |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomeGraphs |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GenomeGraphs/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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