代谢信号

doi:10.18129/b9.bioc.metabosignal

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅代谢信号

代谢信号:一种基于网络的覆盖和探索代谢和信号KEGG途径的方法

生物导体版本:3.8

代谢信号是一个R软件包,允许合并,分析和自定义代谢和信号KEGG途径。它是一种基于网络的方法,旨在探索基因(信号或酶促)和代谢物之间的拓扑关系,代表了研究代谢表型的遗传景观和调节网络的强大工具。

作者:Andrea Rodriguez-Martinez,Rafael Ayala,Joram M. Posma,Ana L. Neves,Maryam Anwar,Jeremy K. Nicholson,Marc-Emmanuel Dumas

维护者:Andrea Rodriguez-Martinez ,Rafael Ayala

引用(从r内,输入引用(“代谢信号”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ameposignal”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“代谢信号”)

html R脚本 代谢信号
html R脚本 代谢信号2:将KEGG与其他交互资源合并
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基因信号,,,,遗传学,,,,GraphandNetwork,,,,kegg,,,,网络,,,,途径,,,,Reactome,,,,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(2。5年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 3.3)
进口 kegggraph,,,,HPAR,,,,Igraph,,,,rcurl,,,,keggrest,,,,ensdb.hsapiens.v75,统计,图形,utils,org.hs.eg.db,,,,Biomart,,,,AnnotationDbi,,,,mwastools,,,,mygene
链接
建议 运行,,,,生物基因,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 MetaBosignal_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 emabosignal_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) emabosignal_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metabosignal
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/amebosignal
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/metabosignal/
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