OncoSimulR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OncoSimulR

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见OncoSimulR．

具有上位性癌症进展的正向遗传模拟

Bioconductor版本:3.8

在无性群体中进行前向群体遗传模拟的函数，特别关注癌症进展。适应度可以是多个基因或基因模块之间遗传相互作用的任意函数，包括上位性、突变积累的顺序限制和顺序效应。基因之间的突变率可能不同，我们可以包括突变基因/反突变基因(以模拟突变表型)。模拟使用连续时间模型，可以包括驾驶员和乘客基因和模块。还包括用于:模拟在致癌树、连接贝叶斯网络和其他肿瘤进展模型中发现的随机dag类型的函数;从单个或多个模拟实现中绘制和采样，包括单细胞采样;绘制克隆体的亲子关系;生成随机的健身景观(粗糙的富士山、纸牌屋和附加模型)并绘制它们。

作者:Ramon Diaz-Uriarte [aut, cre]， Mark Taylor [ctb]

维护者:Ramon Diaz-Uriarte

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("OncoSimulR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“OncoSimulR”)

超文本标记语言	R脚本	OncoSimulR:在具有任意上位性相互作用的无性人群中进行正向遗传模拟，并专注于模拟肿瘤进展。
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细节

biocViews	BiologicalQuestion，软件，SomaticMutation
版本	2.12.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(4.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	Rcpp(>= 0.12.4)，平行，data.table，图，Rgraphviz，gtools，igraph、方法、RColorBrewergrDevices,车，dplyr，smatr，ggplot2，ggrepel，nem
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，Oncotree，testthat(> = 1.0.0),rmarkdown，bookdown，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rdiaz02/OncoSimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/
BugReports	https://github.com/rdiaz02/OncoSimul/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	OncoSimulR_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	OncoSimulR_2.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	OncoSimulR_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OncoSimulR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OncoSimulR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/OncoSimulR/
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