REDseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.REDseq

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见REDseq．

酶切处理的高通量测序数据分析

Bioconductor版本:3.8

该软件包包括构建限制性内切酶切位(RECS)地图、用五种不同的方法将映射的序列分布在地图上、寻找样本的富集/缺失RECSs以及识别样本之间差异富集/缺失RECSs的功能。

作者:朱丽华、Thomas Fazzio

维护者:朱莉朱丽华<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“REDseq”)

PDF	R脚本	REDseq装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.15.0),BiocGenerics(> = 0.1.0),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，乘，Biostrings，BSgenome，ChIPpeakAnno
进口	BiocGenerics，AnnotationDbi，Biostrings，ChIPpeakAnno、图形、IRanges(> = 1.13.5),乘统计,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	REDseq_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	REDseq_1.28.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	REDseq_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REDseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REDseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/REDseq/
包下载报告	下载数据