RGMQL

doi：10.18129/b9.bioc.rgmql

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅RGMQL。

r/bioconductor的静态查询语言

生物导体版本：3.8

该软件包将GENOMETRIC查询语言（GMQL）功能带入R环境。GMQL是一种高级，声明性的语言，用于用于生物医学目的的异质基因组数据集，使用简单的查询来处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL使用云计算技术（如Apache Hadoop和Spark）有效地采用了为大数据设计的算法，从而使GMQL能够在现代基础架构上运行，以实现可扩展性和高性能。它允许从本地和遥远的不同数据源创建，操纵和提取基因组数据。我们的RGMQL函数允许在r惯用范式上利用复杂的查询和处理。RGMQL软件包还提供了一组丰富的辅助类，可允许复杂的输入/输出管理和排序，例如：ASC，DESC，BAG，MIN，MAX，MAX，SUM，AVG，中位数，STD，Q1，Q1，Q2，Q3（以及许多）其他）。请注意，许多RGMQL函数并非在R环境中直接执行，而是在发出真实执行之前被推迟。

作者：Simone Pallotta，Marco Masseroli

维护者：Simone Pallotta

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rgmql”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rgmql”）

PDF	R脚本	RGMQL：r/bioconductor的GENOMETRIC查询语言
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，基础设施，，，，网络，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（1年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.4.2），rgmqllib
进口	httr，，，，rjava，，，，基因组机，，，，rtracklayer，，，，Data.Table，utils，plyr，，，，XML2， 方法，S4VECTORS，，，，dplyr，统计胶水，，，，生物基因
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/gmql/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rgmql_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	rgmql_1.2.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	rgmql_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rgmql
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rgmql
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rgmql/
软件包下载报告	下载统计