Rsamtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsamtools

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rsamtools。

二进制对齐(BAM)、FASTA变体叫(供应量),和tabix文件导入

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了一个接口“samtools”,“bcftools”,和“tabix”实用程序(见许可证)操纵山姆(序列比对/地图),FASTA、二进制变量调用(供应量)和压缩索引一样(tabix)文件。

作者:马丁·摩根Herv \ ' e Pag \ ' es,瓦莱丽•Obenchain纳撒尼尔·海登

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rsamtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rsamtools”)

PDF	R脚本	介绍Rsamtools
PDF	R脚本	使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证
视频		堆积在Rsamtools

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.34.1
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(9年)
许可证	艺术- 2.0 |文件许可
取决于	方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(> = 2.47.6)
进口	跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc,bitops,BiocParallel
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	GenomicAlignments,ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,KEGG.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
取决于我	ArrayExpressHTS,BaalChIP,BitSeq,嵌合体,chipseqDB,食典委,contiBAIT,CoverageView,esATAC,exomeCopy,exomePeak,GenomicAlignments,GenomicFiles,girafe,gmapR,吉他,HelloRanges,感兴趣,leeBamViews,MEDIPS,methylPipe,MMDiff2,podkat,qrqc,r3Cseq,Rcade,ReQON,rfPred,RIPSeeker,rnaseqGene,rnaSeqMap,测序,SGSeq,ShortRead,SICtools,SNPhood,ssviz,systemPipeR,TarSeqQC,TBX20BamSubset,TEQC,VariantAnnotation,wavClusteR
进口我	AllelicImbalance,高山,AneuFinder,annmap,AnnotationHubData,appreci8R,ArrayExpressHTS,ASpli,ATACseqQC,BadRegionFinder,BBCAnalyzer,biovizBase,breakpointR,BSgenome,篮球选手,卡斯珀,cellbaseR,CexoR,chimeraviz,ChIPComp,ChIPexoQual,ChIPpeakAnno,ChIPQC,ChIPSeqSpike,chromstaR,chromVAR,cn.mops,CNVPanelizer,CNVrd2,compEpiTools,consensusDE,文案,CrispRVariants,csaw,customProDB,derfinder,DEXSeq,DiffBind,diffHic,DOQTL,easyRNASeq,EDASeq,ensembldb,epigenomix,eudysbiome,FourCSeq,FunChIP,FunciSNP,gcapc,GeneGeneInteR,GenoGAM,genomation,GenomicAlignments,GenomicInteractions,GenVisR,ggbio,GGtools,GoogleGenomics,哥特,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,gwascat,h5vc,HTSeqGenie,icetea,ima,检查,karyoploteR,ldblock,LungCancerLines,MACPET,MADSEQ,联合化疗,metagene,methylKit,马赛克,motifmatchr,msgbsR,MTseeker,NADfinder,诊断,ORFik,panelcn.mops,PGA,图片,plyranges,PureCN,QDNAseq,qsea,QuasR,R453Plus1Toolbox,ramwas,Rariant,Repitools,RiboProfiling,riboSeqR,RNAprobR,RNASeqR,Rqc,rtracklayer,颈背,segmentSeq,seqplots,seqsetvis,soGGi,SplicingGraphs,srnadiff,strandCheckR,TCseq,TitanCNA,tracktables,trackViewer,transcriptR,TransView,TSRchitect,TVTB,VariantFiltering,VariantTools
建议我	AnnotationHub,bamsignals,BaseSpaceR,BiocGenerics,BiocParallel,biomvRCNS,芝加哥,epivizrChart,计,GenomeInfoDb,GenomicDataCommons,GenomicFeatures,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,gQTLstats,IRanges,metaseqR,omicsPrint,parathyroidSE,收回,SeqArray,seqbias,SigFuge,similaRpeak,拖缆,TFutils
我的链接	ArrayExpressHTS,BitSeq,DiffBind,h5vc,podkat,qrqc,QuasR,seqbias,TransView,VariantAnnotation
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rsamtools_1.34.1.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.34.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Rsamtools_1.34.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsamtools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rsamtools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools/
包下载报告	下载数据