击杀

DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见击杀．

整合转录组和表观基因组的显著性模块

Bioconductor版本:3.8

该包构建在Epimods框架之上，该框架使用SpinGlass算法在Illumina Infinium 27k阵列上查找加权子网络(“模块”)，正如在iGraph包中实现的那样。我们创建了一类与p值、效应大小和评分相关的基因中心注释，从任何研究人员之前的统计结果中寻找功能模块。

作者:Neil Ari Wijetunga, Andrew Damon Johnston, John Murray Greally

维护者:Neil Ari Wijetunga ， Andrew Damon Johnston

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SMITE")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“击打”)

PDF	R脚本	击打教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，网络，NetworkEnrichment，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges
进口	尺度，plyr，Hmisc，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ggplot2，reactome.db，KEGG.db，生命网络，goseq、方法、IRanges，igraph，Biobase、工具、S4Vectors，geneLenDataBase， grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GreallyLab/SMITE
BugReports	https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SMITE_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	SMITE_1.10.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SMITE_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/击打
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SMITE/
包下载报告	下载数据