SomaticSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SomaticSignatures

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SomaticSignatures

体细胞签名

Bioconductor版本:3.8

SomaticSignatures包识别单核苷酸变异(snv)的突变签名。它提供了与Nik-Zainal (2012, Cell)中描述的方法相关的基础设施,具有矩阵分解算法的灵活性。

作者:朱利安格林

维护者:Julian Gehring

引用(从R中,输入引用(“SomaticSignatures”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SomaticSignatures")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“SomaticSignatures”)

超文本标记语言 R脚本 SomaticSignatures
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类GenomicVariation测序软件SomaticMutationStatisticalMethod可视化
版本 2.18.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (R-3.1)(5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (> = 3.1.0),VariantAnnotationGenomicRangesNMF
进口 S4VectorsIRangesGenomeInfoDbBiostringsggplot2ggbioreshape2NMFpcaMethodsBiobase、方法、代理
链接
建议 testthatknitr平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5SomaticCancerAlterationsggdendrofastICA股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures
BugReports https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我 RariantYAPSA
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 SomaticSignatures_2.18.0.tar.gz
Windows二进制 SomaticSignatures_2.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SomaticSignatures_2.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SomaticSignatures
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SomaticSignatures
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/SomaticSignatures/
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