总结性特征

doi：10.18129/b9.bioc.summarizedExperiment

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅总结性特征。

汇总experiment容器

生物导体版本：3.8

汇总experiment容器包含一个或多个测定法，每个测定都由数字或其他模式的矩阵状对象表示。行通常代表感兴趣的基因组范围，列代表样本。

作者：马丁·摩根（Martin Morgan），Valerie Obenchain，Jim Hester，HervéPagès

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ summariziedexperiment”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“总结性特征”）

html	R脚本	1.总结了协调实验测定，样本和感兴趣区域的特殊性
html	R脚本	2.扩展摘要的表演课
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，覆盖范围，，，，遗传学，，，，基因数，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（3。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.2），方法，基因组机（> = 1.33.6），生物酶，，，，延迟（> = 0.3.20）
进口	UTIT，统计，工具，矩阵，，，，生物基因（> = 0.15.3），S4VECTORS（> = 0.17.25），iranges（> = 2.13.16），GenomeInfodB（> = 1.13.1）
链接
建议	注释，，，，AnnotationDbi，，，，HGU95AV2.DB，，，，GenomicFeatures，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，消化，，，，jsonlite，，，，RHDF5，，，，HDF5Array（> = 1.7.5），呼吸道，，，，运行，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	辅助，，，，呼吸道，，，，等位基因平衡，，，，BDMMACORCT，，，，Biocsklearn，，，，Biseq，，，，BNBC，，，，BSSEQ，，，，Cagefightr，，，，Celaref，，，，簇发酵，，，，Coseq，，，，CSAW，，，，达米尔塞克，，，，Deepsnv，，，，deseq2，，，，dexseq，，，，差异，，，，diffcoepp，，，，Diffhic，，，，dmchmm，，，，Dream4，，，，DSQTL，，，，enmix，，，，富集兄弟，，，，Epgenomix，，，，EventPointer，，，，表达，，，，裂变，，，，flowsorted.blood.epic，，，，Genogam，，，，基因组签名，，，，Genomicfiles，，，，Genoset，，，，Geuvpack，，，，Grmetrics，，，，GSEABENCHMARKER，，，，hdcytodata，，，，Helloranges，，，，Hipathia，，，，HMP16SDATA，，，，intad，，，，互动集，，，，兴趣，，，，我明白，，，，Isomirs，，，，春日，，，，接口，，，，loomexpermiment，，，，mbased，，，，甲基管，，，，microRNAOME，，，，Minfi，，，，Mirmine，，，，mpra，，，，多亚sayExexperiment，，，，NADFINDER，，，，校长，，，，甲状旁腺，，，，Powerexplorer，，，，叙事，，，，REMP，，，，安息，，，，休息，，，，Ripseeker，，，，RQT，，，，runibic，，，，SampleClalsifierData，，，，比例4C，，，，烤饼，，，，scrnaseq，，，，SDAMS，，，，sgseq，，，，Simulatorz，，，，Singlecellexperiment，，，，Singlecelltk，，，，soggi，，，，斯塔格，，，，总结，，，，次级表演，，，，Tissueenrich，，，，香草，，，，变体，，，，山药，，，，Zinbwave
进口我	适应性，，，，ALDEX2，，，，高山，，，，阿纳米尔，，，，anota2seq，，，，apeglm，，，，感谢，，，，ASIC，，，，Aucell，，，，基本，，，，Baynorm，，，，BBCANALYZER，，，，Bioconcotk，，，，Biotmle，，，，Biovizbase，，，，Biseq，，，，BloodCancermultiomics2017，，，，Brgedata，，，，bumhmm，，，，buscrect，，，，卡格，，，，坎特克，，，，催化剂，，，，ccfindr，，，，蜂窝轨道，，，，收费，，，，Chippeakanno，，，，Chromvar，，，，甲基化，，，，cnpbayes，，，，coexnet，，，，COGAPS，，，，carpartmap，，，，共识，，，，宇宙67，，，，countsimqc，，，，Cydar，，，，dchiprep，，，，碎片器，，，，分解疾病，，，，变形，，，，DegReport，，，，dep，，，，DESCAN2，，，，命运，，，，diffcyt，，，，多米诺骨牌效应，，，，doppelgangr，，，，EasyRnaseq，，，，埃尔默，，，，ememblvep，，，，epivizrdata，，，，Erma，，，，FCBF，，，，Fourcseq，，，，加尔斯，，，，GenomicDataCommons，，，，GGBASE，，，，GGBIO，，，，Glmsparsenet，，，，GQTLBASE，，，，gqtlstats，，，，Greylistchip，，，，Gwascat，，，，Gwasurvivr，，，，htseqgenie，，，，Iasva，，，，冰茶，，，，理想的，，，，ihwpaper，，，，冲动2，，，，检查，，，，Interminer，，，，迭代，，，，谱系，，，，M3D，，，，Madseq，，，，桅杆，，，，MCSEA，，，，一顿饭，，，，metaneighbor，，，，甲基分析，，，，甲基化，，，，甲基菌，，，，methyvim，，，，最小值，，，，Mirlab，，，，mirsm，，，，mlseq，，，，MOONLIGHTR，，，，MotifMatchr，，，，mpranalyze，，，，MSGBSR，，，，mtseeker，，，，多胎，，，，多组学，，，，突变模式，，，，mwastools，，，，NetSmooth，，，，普通剂，，，，寡群，，，，Omicrexposom，，，，OMICSPRINT，，，，oncomix，，，，PCAEXPLORER，，，，苯酚，，，，psichomics，，，，属属，，，，R453plus1toolbox，，，，破烂的经历，，，，Rarevariantvis，，，，rcistarget，，，，读取，，，，地区报告，，，，regsplice，，，，RGSEPD，，，，rmmquant，，，，怒吼，，，，rtcgatoolbox，，，，RTN，，，，SC3，，，，评分，，，，SCDD，，，，scfind，，，，scmap，，，，Scmeth，，，，scnorm，，，，Scoreinvhap，，，，scpipe，，，，斯克兰，，，，颈背，，，，半条，，，，seqcat，，，，sigfeature，，，，唱歌，，，，激流回旋，，，，弹弓，，，，紧身，，，，Snpchip，，，，Snphood，，，，飞溅，，，，Srnadiff，，，，SVAPLSSEQ，，，，switchde，，，，Systempiper，，，，tcgabiolinks，，，，tcgabiolinksgui，，，，tcgautils，，，，tcgaworkflow，，，，tcgaworkflowdata，，，，TCSEQ，，，，tenxplore，，，，时髦的，，，，tsrchitect，，，，ttmap，，，，TVTB，，，，tximeta，，，，txreginfra，，，，变体滤波器，，，，vidger，，，，yrimulti，，，，ZFPKM
建议我	AnnotationHub，，，，生物室，，，，Biotmledata，，，，延迟，，，，DuoClustering2018，，，，epivizr，，，，epivizrchart，，，，Esetvis，，，，Genie3，，，，基因组机，，，，glimma，，，，Globalseq，，，，GSEAN，，，，HDF5Array，，，，InteractiveSplay，，，，Methyvimdata，，，，MSNBase，，，，路径上，，，，Pathprintgeodata，，，，podkat，，，，rforpoteomics，，，，肋骨蛋白，，，，S4VECTORS，，，，scfeaturefilter，，，，芝麻，，，，tfutils，，，，组织
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	SummarizedExperiment_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	总结Exexperiment_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	总结Exexperiment_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/summarizeexperiment
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/摘要excperiment
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/summarizeexperiment/
软件包下载报告	下载统计