birte

DOI:10.18129 / B9.bioc.birte

此包适用于Bioconductor的3.8版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见birte．

表达调控影响的贝叶斯推理(biRte)

Bioconductor版本:3.8

mRNA分子的表达水平受到不同过程的调控，包括转录因子的抑制或激活和microrna的转录后降解。biRte利用TFs、miRNA和可能的其他因素的调控网络，以及mRNA、miRNA和其他可用的表达数据来预测调控因子对其靶基因表达的相对影响。采用马尔可夫链-蒙特卡罗模型在贝叶斯模型框架下进行推理。一个特殊的特点是在有源调节器之间进行后续网络逆向工程的可能性。

作者:Holger Froehlich, Benedikt Zacher撰稿

维护人员:Holger Froehlich

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("birte")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“birte”)

PDF	R脚本	转录活性调控的贝叶斯推断
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	贝叶斯，GeneExpression，微阵列，网络，NetworkInference，回归，测序，软件，转录
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.0),RcppArmadillo(> = 0.3.6.1),Rcpp
进口	质量，limma(> = 3.22.0),glmnet，Biobase，nem，图像，统计，效用
链接	RcppArmadillo，Rcpp
建议	knitr
SystemRequirements	布拉斯特区,LAPACK
增强了	Rgraphviz
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	birte_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	birte_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	birte_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/birte
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ birte
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/birte/
包下载报告	下载数据