clusterProfiler

doi:10.18129/b9.bioc.clusterProfiler

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅clusterProfiler

基因和基因簇功能曲线的统计分析和可视化

生物导体版本:3.8

该软件包实现了分析和可视化基因和基因簇的功能分布(GO和KEGG)的方法。

作者:广琴Yu [AUT,CRE,CPH],Li-gen Wang [CTB],Giovanni Dall'olio [CTB](比较驱动器的公式接口)

维护者:gmail.com> guangchuang yu

引用(从r内,输入引用(“ clusterProfiler”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ clusterProfiler”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ clusterProfiler”)

html R脚本 基因和基因簇功能曲线的统计分析和可视化
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,聚类,,,,,,,,基因烯,,,,kegg,,,,多重组合,,,,途径,,,,Reactome,,,,软件,,,,可视化
版本 3.10.1
在生物导体中 Bioc 2.8(R-2.13)(8年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4.0)
进口 AnnotationDbi,,,,剂量(> = 3.5.1),富集(> = 0.99.7),GGPLOT2,,,,go.db,,,,Gosemsim,,,,马格里特, 方法,plyr,,,,QVALUE,,,,rvcheck,统计花花公子,UTILS
链接
建议 AnnotationHub,,,,gseabase,,,,kegg.db,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,Prettydoc,,,,PathView,,,,Reactomepa,,,,测试
系统要求
增强
URL https://guangchuangyu.github.io/software/clusterprofiler
BugReports https://github.com/guangchuangyu/clusterprofiler/issues
取决于我 Maendtoend
进口我 生物加工者,,,,Cemitool,,,,达帕尔,,,,碎片器,,,,EEGC,,,,esatac,,,,gdcrnatools,,,,,,,,Mageckflute,,,,甲基,,,,mirsponge,,,,MOONLIGHTR,,,,recountworkflow,,,,rnaseqr,,,,tcgabiolinksgui,,,,tcgaworkflow
建议我 Chipseeker,,,,剂量,,,,富集,,,,Gosemsim,,,,Reactomepa,,,,tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 clusterProfiler_3.10.1.tar.gz
Windows二进制 clusterProfiler_3.10.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) clusterProfiler_3.10.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterprofiler
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/clusterProfiler
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/clusterprofiler/
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