crlmm

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见crlmm．

Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和拷贝数分析工具

Bioconductor版本:3.8

更快地实现特定于SNP 5.0和6.0阵列的CRLMM，以及特定于5.0、6.0和Illumina平台的拷贝号工具。

作者:Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie, Ingo Ruczinski, Rafael A Irizarry

维护者:Benilton S Carvalho <单放大器的Benilton。Robert Scharpf ， Matt Ritchie

引用(从R中，输入引用(“crlmm”))：

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“crlmm”)

PDF		拷贝数估计
PDF		crlmm Vignette -下游分析
PDF	R脚本	crlmm Vignette -基因分型
PDF		用于副本数分析的基础设施
PDF		拷贝号小插图概述
PDF		用于拷贝数分析的Illumina阵列预处理和基因分型
PDF		参考手册
文本		新闻

biocViews	CopyNumberVariation，微阵列，预处理，单核苷酸多态性，软件
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (R-2.9)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7)
进口	方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenerics，affyio(> = 1.23.2),illuminaio，椭圆，mvtnorm样条函数、统计数据SNPchip跑龙套,晶格，ff，foreach，RcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStats，VGAM、并行、图形limma，beanplot
链接	preprocessCore(> = 1.17.7)
建议	hapmapsnp6，genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdata，snpStats，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	VanillaICE
建议我	ArrayTV，hapmap370k，oligoClasses，SNPchip
我的链接
构建报告

遵循2021年欧洲杯比分预测在R会话中使用这个包的说明。

源包	crlmm_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	crlmm_1.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	crlmm_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crlmm
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crlmm
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crlmm/
包下载报告	下载数据