格特里

doi:10.18129/b9.bioc.ggtree

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅格特里

用于可视化和注释系统发育树的R包,其协变量和其他相关数据

生物导体版本:3.8

“ ggtree”扩展了实现图形语法的“ ggplot2”绘图系统。“ ggtree”设计用于可视化和注释系统发育树和其他相关数据。

作者:广琴Yu [AUT,CRE,CPH],Tommy Tsan-Yuk Lam [AUT,THS],Justin Silverman [CTB],Bradley Jones [CTB],Watal M. Iwasaki [CTB]

维护者:gmail.com> guangchuang yu

引用(从r内,输入引用(“ ggtree”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ggtree”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Ggtree”)

html R脚本 01 GGTREE简介
html R脚本 02树可视化
html R脚本 03树木操纵
html R脚本 04树注释
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,注解,,,,聚类,,,,DataImport,,,,乘以quessequealignment,,,,reproducibleresearch,,,,软件,,,,可视化
版本 1.14.6
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(4年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4.0)
进口 ,,,,dplyr,,,,GGPLOT2(> = 3.0.0),grdevices,网格,马格里特, 方法,purrr,,,,rlang,,,,rvcheck(> = 0.1.0),,,,,蒂布尔,,,,花花公子,,,,tidytree(> = 0.1.9),(> = 1.3.14),UTILS
链接
建议 色彩空间,,,,牛仔图,,,,表情符号,,,,ggimage,,,,尼特,,,,Prettydoc,,,,rmarkDown,,,,测试
系统要求
增强
URL https://guangchuangyu.github.io/software/ggtree
BugReports https://github.com/guangchuangyu/ggtree/issues
取决于我
进口我 ,,,,淋巴索,,,,菲尔,,,,Singlecelltk,,,,Universalmotif
建议我 元全征,,,,
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ggtree_1.14.6.tar.gz
Windows二进制 ggtree_1.14.6.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) ggtree_1.14.6.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ggtree
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/ggtree/
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