limma

DOI:10.18129 / B9.bioc.limma

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见limma．

微阵列数据线性模型

Bioconductor版本:3.8

微阵列数据的数据分析、线性模型和微分表达式。

作者:Gordon Smyth [cre,aut]，胡一芳[ctb]， Matthew Ritchie [ctb]， Jeremy Silver [ctb]， James Wettenhall [ctb]， Davis McCarthy [ctb]， Di Wu [ctb]， Shi Wei [ctb]， Belinda Phipson [ctb]， Aaron Lun [ctb]， Natalie Thorne [ctb]， Alicia Oshlack [ctb]， Carolyn de Graaf [ctb]，陈云顺[ctb]， Mette Langaas [ctb]， Egil Ferkingstad [ctb]， Marcus Davy [ctb]， Francois Pepin [ctb]， Choi Dongseok [ctb]

维护者:Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("limma")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“limma”)

PDF		Limma One Page Introduction
PDF		usersguide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，BiomedicalInformatics，CellBiology，Cheminformatics，聚类，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，表观遗传学，ExonArray，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，代谢组学，MicroRNAArray，微阵列，MultipleComparison，归一化，OneChannel，预处理，ProprietaryPlatforms，蛋白质组学，质量控制，RNASeq，回归，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，转录，转录组，TwoChannel，mRNAMicroarray
版本	3.38.3
Bioconductor自	BioC 1.6 (R-2.1)或更早版本(> 14年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = tripwire)
进口	grDevices，图形，统计，工具，方法
链接
建议	affy，AnnotationDbi，BiasedUrn，Biobase，椭圆，GO.db，gplots，illuminaio，locfit，质量，org.Hs.eg.db样条函数,statmod(> = 1.2.2),vsn
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinf.wehi.edu.au/limma
取决于我	a4Base，AffyExpress，AgiMicroRna，birta，BLMA，CALIB，亚兰，cghMCR，ChimpHumanBrainData，clippda，codelink，转换，Cormotif，DEqMS，DrugVsDisease，刨边机，EGSEA123，ExiMiR，ExpressionAtlas，有限元法，Fletcher2013a，gCMAP，genefu，HD2013SGI，HTqPCR，IsoformSwitchAnalyzeR，maEndToEnd，maigesPack，maPredictDSC，marray，metagenomeSeq，metaseqR，methylationArrayAnalysis，MmPalateMiRNA，mpra，PGPC，prot2D，qpcrNorm，qusage，遏制，林格，RNAseq123，RnBeads，Rnits，simpleSingleCell，snapCGH，splineTimeR，SRGnet，SSPA，tRanslatome，TurboNorm，variancePartition，西瓜
进口我	ABSSeq，affycoretools，affylmGUI，anamiR，anota2seq，ArrayExpress，arrayQuality，arrayQualityMetrics，ArrayTools，artMS，ATACseqQC，吸引，舞会礼服，BatchQC，beadarray，BeadArrayUseCases，biotmle，birte，bsseq，BubbleTree，bumphunter，CALIB，CancerMutationAnalysis，CancerSubtypes，卡斯珀，催化剂，CEMiTool，冠军，魅力，ChIPComp，ChIPpeakAnno，clusterExperiment，coexnet，compcodeR，承认，consensusDE，consensusOV，CountClust，crlmm，crossmeta，csaw，cTRAP，ctsGE，cytofWorkflow，DaMiRseq，DAPAR，debrowser，部，derfinderPlot，DEsubs，DiffBind，diffcyt，diffHic，diffloop，DmelSGI，DMRcate，Doscheda，DRIMSeq，EBSEA，eegc，天哪，EGSEA，EnrichmentBrowser，erccdashboard，EventPointer，explorase，ExpressionNormalizationWorkflow，flowBin，gCrisprTools，GDCRNATools，GeneSelectMMD，GeneSelector，GEOquery，GGBase，GOsummaries，gQTLstats，GUIDEseq，hipathia，HTqPCR，icetea，iCheck，iChip，iCOBRA，理想的，InPAS，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，limmaGUI，Linnorm，lmdme，LVSmiRNA，mAPKL，mCSEA，餐，methylKit，MethylMix，methyvim，MIGSA，minfi，miRLAB，missMethyl，MLSeq，MmPalateMiRNA，单片眼镜，MoonlightR，MSstats，MSstatsTMT，MultiDataSet，NADfinder，nem，nethet，nondetects，NormalyzerDE，OGSA，奥林，omicRexposome，PAA，PADOG，PathoStat，pbcmc，pcaExplorer，PECA，pepStat，phantasus，phenoTest，聚酯，psichomics，qPLEXanalyzer，qsea，rCGH，recountWorkflow，regsplice，ReportingTools，林格，RNAinteract，RNAither，RTCGAToolbox，研制，RTopper，司康饼，食物，SEPIRA，seqsetvis，sigaR，SimBindProfiles，singleCellTK，snapCGH，STATegRa，股东价值分析，SVAPLSseq，systemPipeR，TCGAbiolinks，timecourse，TimeSeriesExperiment，泛太平洋伙伴关系，transcriptogramer，TVTB，tweeDEseq，vsn，扳手，山药，纱
建议我	ABarray，ADaCGH2，数组，beadarraySNP，biobroom，BiocCaseStudies，生命网络，BloodCancerMultiOmics2017，类别，categoryCompare，celaref，ClassifyR，CMA，coGPS，cydar，DEGreport，derfinder，DEScan2，dyebias，肘，fgsea，计，GeneSelector，GeuvadisTranscriptExpr，Glimma，GSRI，GSVA，哈曼，Heatplus，等压线，ivygapSE，莱斯，光民，mammaPrintData，桅杆，mdgsa，methylumi，中长期规划，npGSEA，益生元，oppar，paxtoolsr，PGSEA，钢琴，plw，PREDA，彪马，Rcade，RTopper，rtracklayer，嘘，seventyGeneData，经验丰富的人，subSeq，SummarizedBenchmark，tximport，zFPKM
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	limma_3.38.3.tar.gz
Windows二进制	limma_3.38.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	limma_3.38.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/limma
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ limma
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/limma/
包下载报告	下载数据