methylGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylGSA

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylGSA．

利用差异甲基化结果的基因集分析

Bioconductor版本:3.8

甲基gsa的主要功能是甲基glm和甲基rra。甲基gsa实现逻辑回归，调整探针数量作为协变量。methylRRA通过鲁棒秩聚合调整每个基因的多个p值。有关更详细的帮助信息，请参阅小插图。

作者:徐仁[aut, cre]，裴芬宽[aut]

维护人员:Xu Ren

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“methylGSA”)

超文本标记语言	R脚本	methylGSA: DNA甲基化数据集的基因集分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，通路，回归，软件
版本	1.0.4
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5)
进口	RobustRankAggreg，ggplot2，stringr统计数据,clusterProfiler，missMethyl，org.Hs.eg.db，reactome.db，GO.db，AnnotationDbi，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，enrichplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/reese3928/methylGSA
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylGSA_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	methylGSA_1.0.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methylGSA_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylGSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylGSA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylGSA/
包下载报告	下载数据