msPurity

DOI:10.18129 / B9.bioc.msPurity

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅msPurity。

自动评价前体离子纯度基于质谱碎片在代谢组学

Bioconductor版本:3.8

评估目标的贡献前体在碎片收购或预期的隔离windows使用一种称为“前体纯洁”的指标。还提供了简单的处理步骤(平均、过滤、空白减法等)DI-MS数据。适用于均质(/ MS)和DI-MS (/ MS)数据。光谱匹配碎片光谱也可以对SQLite数据库运行的光谱库。

作者:托马斯·n·劳森,拉尔夫·韦伯,马丁·琼斯马克Viant,沃里克邓恩

维护人员:托马斯·n·劳森< thomas.nigel。劳森在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msPurity”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“msPurity”)

HTML	R脚本	msPurity
HTML	R脚本	msPurity光谱匹配
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细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	Rcpp
进口	plyr,foreach平行,doSNOW,stringr,mzR,reshape2,fastcluster,ggplot2,DBI,RSQLite
链接
建议	testthat,xcms,BiocStyle,knitr,rmarkdown,msPurityData,相机
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	msPurity_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	msPurity_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	msPurity_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msPurity
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msPurity
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msPurity/
包下载报告	下载数据