odseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.odseq

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见odseq。

多序列比对中的离群点检测

Bioconductor版本:3.8

使用预定义距离度量的引导，在多个序列对齐中执行离群值检测。离群序列会使下游分析不可靠，或者使正在构建的比对不那么准确。这个包实现了由Jehl等人(doi 10.1186/s12859-015-0702-1)提出的用于对齐序列的odseq算法，以及对未对齐序列使用字符串内核的变体。

作者:José Jiménez

维护者:José Jiménez

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("odseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“odseq”)

PDF	R脚本	msa中异常值检测的快速教程
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，MultipleSequenceAlignment，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.2.3)
进口	msa(> = 1.2.1),烤肉串(> = 1.4.1),mclust(> = 5.1)
链接
建议	knitr(> = 1.11)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	odseq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	odseq_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	odseq_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/odseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/odseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/odseq/
软件包下载报告	下载数据