phantasus

doi:10.18129/b9.bioc.phantasus

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅phantasus

视觉和互动基因表达分析

生物导体版本:3.8

Phantasus是用于视觉和交互式基因表达分析的网络应用。Phantasus基于Morpheus,该软件是一种用于热图可视化和分析的软件,该软件通过OpenCPU API与R环境集成在一起。除了基本的可视化和过滤方法外,还支持基于R的方法,例如K-均值聚类,主成分分析或Limma软件包的差异表达分析。

作者:Daria Zenkova [AUT],Vladislav Kamenev [aut],Rita Sablina [CTB],Maxim Artyomov [aut],Alexey Sergushichichev [aut,Cre]

维护者:gmail.com上的Alexey Sergushichev

引用(从r内,输入引用(“ phantasus”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ phantasus”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Phantasus”)

html R脚本 开发新工具
html R脚本 使用Phantasus应用
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 聚类,,,,datarepresentation,,,,差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,正常化,,,,委托人,,,,rnaseq,,,,软件,,,,转录组学,,,,可视化
版本 1.2.1
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(1年)
执照 麻省理工学院 +文件许可证
要看 R(> = 3.5)
进口 GGPLOT2,,,,原石,,,,生物酶,,,,地球,,,,,,,,htmltools,,,,httpuv,,,,jsonlite,,,,林玛,,,,OPENCPU,,,,断言, 方法,httr,,,,RHDF5,utils,并行,Stringr,,,,fgsea,,,,svglite,,,,gtable,统计矩阵,,,,矩阵,,,,pheatmap,,,,,,,,CCAPP,网格,grdevices
链接
建议 测试,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Data.Table
系统要求
增强
URL https://genome.ifmo.ru/phantasushttps://artyomovlab.wustl.edu/phantasus
BugReports https://github.com/ctlab/phantasus/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 phantasus_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 phantasus_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) phantasus_1.2.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phantasus
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/phantasus
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/phantasus/
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  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户