r3Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.r3Cseq

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见r3Cseq．

染色体构象捕获与下一代测序(3C-seq)分析

Bioconductor版本:3.8

这个包是3C-seq分析的远程相互作用的数据分析的实现。

作者:Supat Thongjuea，英国牛津大学Weatherall分子医学研究所MRC分子血液学单元。在ndcls.ox.ac.uk thongjuea >

维护者:Supat Thongjuea < Supat。在ndcls.ox.ac.uk thongjuea >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“r3Cseq”)

PDF	R脚本	r3Cseq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理，测序，软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges，Rsamtools，rtracklayer，VGAM，qvalue
进口	方法,GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，data.table，sqldf，RColorBrewer
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked
SystemRequirements
增强了
URL	http://r3cseq.genereg.net
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	r3Cseq_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	r3Cseq_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	r3Cseq_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ r3Cseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/r3Cseq/
包下载报告	下载数据