segmentSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.segmentSeq

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见segmentSeq．

从高通量测序数据中识别小RNA位点的方法

Bioconductor版本:3.8

高通量测序技术允许生产大量的短序列，这些短序列可以与基因组对齐，以创建一组与基因组匹配的序列。通过寻找基因组中有高密度匹配的区域，我们可以推断出基因组的分割为具有生物学意义的区域。这个包中的方法允许同时分割来自多个样本的数据，考虑到复制数据，以创建一个一致的分割。这在许多类型的测序实验中有明显的应用，特别是在小RNA位点的发现和新的mRNA转录组的发现方面。

作者:Thomas J. Hardcastle

维护者:Thomas J. Hardcastle

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("segmentSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“segmentSeq”)

PDF	R脚本	segmentSeq:小RNA位点检测
PDF	R脚本	segmentsSeq:甲基化位点鉴定
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐，DataImport，DifferentialExpression，MultipleComparison，质量控制，测序，软件
版本	2.16.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，baySeq(> = 2.9.0),S4Vectors平行,GenomicRanges，ShortRead,统计数据
进口	Rsamtools，IRanges，GenomeInfoDb，图形，grDevices, utils，abind
链接
建议	BiocStyle，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	segmentSeq_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	segmentSeq_2.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	segmentSeq_2.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmentSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/segmentSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/segmentSeq/
软件包下载报告	下载数据