transcriptogramer

DOI:10.18129 / B9.bioc.transcriptogramer

该软件包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见transcriptogramer。

基于转录图的转录分析

Bioconductor版本:3.8

基于转录图的转录分析，这是一种分析转录组的方法，它将表达值投射到一组有序的蛋白质上，使基因产物参与同一代谢途径的概率随着该顺序的两个蛋白质之间的距离增加而呈指数下降。因此，转录图是基因组范围内的基因表达谱，它提供了细胞代谢的全局视图，同时指示了表达改变的基因集。

作者:Diego Morais [aut, cre]， Rodrigo Dalmolin [aut]

维护者:Diego Morais

安装

要安装这个包，启动R(版本"3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("transcriptogramer")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“transcriptogramer”)

超文本标记语言	R脚本	转录仪用户指南
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，RNASeq，软件，SystemsBiology，转录，可视化
版本	1.4.1
在Bioconductor中	BioC 3.6 (R-3.4)(1.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (bb0 = 3.4)，方法
进口	biomaRt，data.table，doSNOW，foreach，ggplot2、图形、grDevices、igraph，limma平行,进步，红色的，雪统计数据,tidyr，topGO
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements	Java运行环境(>= 6)
增强了
URL	https://github.com/arthurvinx/transcriptogramer
BugReports	https://github.com/arthurvinx/transcriptogramer/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	transcriptogramer_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	transcriptogramer_1.4.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	transcriptogramer_1.4.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transcriptogramer
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/transcriptogramer
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/transcriptogramer/
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