2组织概述

界面分为四个部分:输入,设计,矩阵和情节。
古典接口的使用将是第一个填充的输入部分。

一旦输入了,你可以建立你的实验设计在设计部分。由于设计选项,多个组合群bam文件可以比较在一个分析。

然后您可以生成保险矩阵根据矩阵的设计如果面板。
最后,metagene情节生产使用ggplot2包的阴谋的一部分。

2.1输入

您可以使用现有metagene对象之前由metagene(> = 2.1.31)或通过Imetagene。文件必须是一个RData文件(与分机.RData .Rda .RData或.Rda)

加载现有metagene对象

您还创建一个新的metagene对象。要做到这一点,你必须提供你想要的BAM文件使用和地区你想学习在床上的格式。

没有硬限制数量的BAM文件可以包含在一个分析(但BAM文件太多,内存可能成为一个问题)。BAM文件必须被索引。例如,如果您使用一个文件名的文件。砰,一个名为file.bam的文件。白必须出现在相同的目录中。

比较感兴趣的自定义区域,可以使用一个或多个床上文件的列表。床上,narrowPeak broadPeak格式支持(延伸轮回,轮回,.narrowPeak和.broadPeak)。

创建一个新的metagene对象

然后您可以保存metagene对象为未来使用。一旦metagene加载或刚创建时,你可以去下一个步骤:设计创造。

设计文件是一样文件(. tsv)描述一个或多个实验。一个实验可以包含一个或多个复制和控制。第一列的设计文件包含在当前metagene可用的bam名称列表对象。下面的列对应的实验。他们必须有一个唯一的名称和可能的值是0(忽略),1(芯片)或2(控制)。

如果您使用的是加载metagene已经包含一个对象设计,它将显示在目前的设计选项卡。如果负载或创建一个新的设计将会覆盖现有的一个。

你可以加载一个现有的设计文件加载已有的设计文件选项卡。如果文件格式化,它将加载并显示目前的设计选项卡。

加载一个现有的设计

创建一个新的设计,你可以的创建新的设计选项卡。您将创建一个实验:

创建新的实验

一旦完成,您可以添加实验。更新后的设计将会显示目前的设计选项卡。

展示设计

然后您可以保存设计为进一步使用csv文件。

生产metagene情节,保险必须转换矩阵的列代表的位置和区域的行。此外,在以下步骤减少计算时间,职位也扔进垃圾箱。

如果您使用的是加载metagene对象已经包含矩阵处理,他们将可显示的当前矩阵子集选项卡。如果你产生新的矩阵,它们将会覆盖现有的。

我们可以控制本的大小的bin_size论点。默认情况下,bin_count100这个步骤中使用。

我们也可以使用我们之前生产的设计来消除背景信号和合并复制。

展示设计

的当前矩阵子集选项卡的给你一个概述生成矩阵的热图。由于包d3heatmap,你可以把鼠标悬停在一个细胞显示细节,拖出一个矩形放大,并单击行/列蜱虫突出。

展示设计

然后您可以保存更新后的metagene对象(现在包含了一个设计和矩阵)为未来使用。

metagene情节需要data.frame作为输入。的data.frame计算在背景和带计算的值。默认情况下,metagene使用“引导”来获得一个更好的估计意味着浓缩为每个职位在每个组的区域/ BAM文件。

的data.frame将用于绘制计算值使用ggplot2。我们展示的一个子集地区使用区域显示和实验显示参数。的区域显示对应区域的名称初始化期间使用。的实验显示如果一个设计添加而异。如果没有设计补充道,这个参数对应名称或加上文件名。否则,我们必须使用设计的列的名称。

这是阴谋的使用设计

展示设计

和相同的数据没有设计

展示设计