### R代码来自小插图来源的RpsiXMLApp。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:自由 ################################################### 库(RpsiXML)库(ppiStats)图书馆(Rgraphviz)图书馆(RBGL ) ################################################### ### 代码块2号:解析 ################################################### xmlDir < -执行(“/ extdata / psi25files”,包=“RpsiXML”)intactxml < -文件。psimi25XML2Graph(intactxml，完整的。PSIMI25 verbose = FALSE ) ################################################### ### 代码块3号:visGraph ################################################### nA < - makeNodeAttrs (x,标签= " fillcolor =“lightblue”,宽度= 0.4,高度= 0.4)情节(x,“neato, nodeAttrs = nA ) ################################################### ### 代码块4号:removeSelfLoop ################################################### xn < - removeSelfLoops (x) nA < - makeNodeAttrs (xn label = " ", fillcolor =“lightblue”,宽度= 0.4,高度= 0.4)情节(xn, neato, nodeAttrs = nA ) ################################################### ### 代码块5号:detectSelfLoop ################################################### isSelf < -函数(g) {ns < -节点(g)酸式焦磷酸钠(ns,函数(x)的x % % (g, x) [[1]])} isSelfLoop < - isSelf (x) selfCount < - sum (isSelfLoop)打印(selfCount ) ################################################### ### 代码块6号:outdHist ################################################### opar < - par (mar = c (4 4 0,1)) ds <度(xn)嘘(ds [[2]], xlab = " ",主要 ="") ################################################### ### 代码块7号:indHist ################################################### opar < - par (mar = c(4 4 0,1))嘘(ds [[1]], xlab = " ",主要 ="") ################################################### ### 代码块8号:findClique ################################################### 徐< - ugraph (xn) cls < - maxClique(徐)美元maxCliques cs < -酸式焦磷酸钠(cls、长度)cls [cs = = max (cs )] ################################################### ### 代码块9号:countClique ################################################### cc表(cs) < - c4 < - cc [[4]] c3 < - cc[[”3 "]] ################################################### ### 代码块10号:visClique ################################################### c4ns < - cls [cs = = max (cs)] c4a < - c4ns [[1]] c4b < - c4ns [[2]] ns <——节点(xn);ncols < -代表(“lightblue”,长度(ns)) ncols (ns % % c4a] < -“# FF0033”ncols (ns % % c4b] < -“# FFFF33”ncols (ns % %相交(c4a c4b)] < -“# FF8033”nA < - makeNodeAttrs (xn fillcolor = ncols标签= " ",宽度= 0.4,高度= 0.4)情节(xn, neato, nodeAttrs = nA ) ################################################### ### 代码块11号:visCliqueAlone ################################################### c4nodes < -独特(c (c4a c4b)) c4sub < -子图(c4nodes xn) ns <——节点(c4sub);ncols < -代表(“lightblue”,长度(ns)) ncols (ns % % c4a] < -“# FF0033”ncols (ns % % c4b] < -“# FFFF33”ncols (ns % %相交(c4a c4b)] < -“# FF8033”nA < - makeNodeAttrs (c4sub fillcolor = ncols)情节(c4sub, neato, nodeAttrs = nA ) ################################################### ### 代码块12号:assessSym ################################################### 信谊< - assessSymmetry (xn bpGraph = TRUE)头(对称度 ) ################################################### ### 代码块13号: symStat ################################################### deg <- sym[[1]] outR <- deg[,2]==0 inR <- deg[,3]==0 nrCount <- outR & inR ################################################### ### code chunk number 14: est ################################################### nint <- 49:56 nrec <- sum(deg[,1]) nunr <- sum(deg[,2]) ntot <- nrow(deg) est <- estErrProbMethodOfMoments(nint=nint, nrec=nrec, nunr=nunr, ntot=ntot) plot(est[, c("pfp2", "pfn2")], type="l", col="orange", lwd=2, xlab=expression(p[FP]), ylab=expression(p[FN]), xlim=c(-0.001, 0.005), ylim=c(-0.001, 0.045)) abline(h=0, v=0, lty=2) ################################################### ### code chunk number 15: unload ################################################### library(RpsiXML) ################################################### ### code chunk number 16: sessionInfo ################################################### sessionInfo()