### R代码从vignette源的SLGI。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:设置 ################################################### 库(SLGI)库(org.Sc.sgd.db) # #加载通等数据(SGA)数据(Atong ) ################################################### ### 代码块2号:拒绝了 ################################################### 拒绝< -长度(相交(SGA, org.Sc.sgdREJECTORF )) ################################################### ### 代码块3号:aliasMatch ################################################### updateSGA = mget (SGA, org.Sc。sgdCOMMON2ORF ifnotfound = NA ) ################################################### ### 代码块数量4:重要基因在基因列表查询 ################################################### 数据(essglist)环境、社会和治理=名称(essglist) n1 < - sum (esg % % dimnames (Atong) [[1]]) n2 < - sum (esg % % dimnames (Atong) [[2 ]]) ################################################### ### 代码块5号:SLGI。Rnw: 154 - 156 ################################################### 数据(Boeke2006raw)数据(Boeke2006 ) ################################################### ### 代码块6号:SLGI。Rnw: 179 - 182 ################################################### ## Schuldiner et al。(2005)数据(gi2005)数据(gi2005.metadata ) ################################################### ### 代码块7号:SLGI。Rnw: 200 - 201 ################################################### 数据(TFmat ) ################################################### ### 代码块8号:ScISI ################################################### 图书馆(ScISI)数据(ScISIC) ScISIC [1:5, 1:5 ] ################################################### ### 代码块9号:SLGI。Rnw: 230 - 236 ################################################### 数据(Boeke2006)数据(dSLAM)暗(Boeke2006) Boeke2006red < - gi2Interactome (Boeke2006 ScISIC) (Boeke2006red暗淡 ) ################################################### ### 代码块10号:SLGI。Rnw: 246 - 247 ################################################### < - getInteraction交互(Boeke2006red、dSLAM ScISIC ) ################################################### ### 代码块11号:SLGI。Rnw: 252 - 253 ################################################### intSummary < iSummary(交互bwMat美元,n = 5 ) ################################################### ### 代码块12号:SLGI。Rnw: 261 - 263 (eval = FALSE ) ################################################### ## 宇宙modelBoeke < - modelSLGI (Boeke2006red # # = dSLAM interactome = ScISIC类型=“intM烫= 5 ) ################################################### ### 代码块13号:SLGI。Rnw: 270 - 271 (eval = FALSE ) ################################################### ## 情节(modelBoeke pch = 20 ) ################################################### ### 代码块14号:SLGI。Rnw: 291 - 296 (eval = FALSE ) ################################################### ## < - dSLAM数组(dSLAM % % rownames (ScISIC)] # #查询< - rownames (Boeke2006) [rownames (Boeke2006) % % rownames (ScISIC)] # # allInteract < -矩阵(1 nrow =长度(查询),ncol =长度(数组),# # dimnames =列表(查询、数组)# #测试< getInteraction (allInteract、dSLAM ScISIC ) ################################################### ### 代码块数量15:SLGI。Rnw: 299 - 302 (eval = FALSE ) ################################################### ## testedInteract < - test2Interact (iMat = $ bwMat交互,尸=测试bwMat美元,interactome = ScISIC) # #重要< - hyperG (cbind (= testedInteract $测试“测试”,“互动”= testedInteract交互美元),# #总和(Boeke) nrow (Boeke2006red) *长度(dSLAM))