来自vignette source的filterVcf的R代码。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:style-Sweave ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:前过滤符号 ################################################### isGermlinePrefilter < -函数(x) {grepl(“胚胎”,x,固定= TRUE)} notInDbsnpPrefilter < -函数(x) {! (grepl(“dbsnp”,x,固定= TRUE )) } ################################################### ### 代码块3号:过滤器################################################### ##我们将使用isSNV()仅过滤snv allelicDepth <- function(x){##肿瘤样本的“备用等位基因”的AD比例##或正常样本的“参考等位基因”到##的总读数,样本应该大于某个阈值(例如0.1,##即:至少10%的样本应该感兴趣的等位基因# #)广告< -基因族群(x)美元广告tumorPct < -广告(,1,2,下降= FALSE) / rowSums(广告下降[1,,= FALSE) normPct < -广告(,2,1滴= FALSE) / rowSums(广告下降[2,= FALSE)测试< - (tumorPct > 0.1) | (normPct > 0.1) as.vector (! is.na(测试)和测试 ) } ################################################### ### 代码块4号:createFilterRules ################################################### 库(VariantAnnotation)预< - FilterRules(列表(生殖系= isGermlinePrefilter dbsnp = notInDbsnpPrefilter)过滤器< - FilterRules(列表(= allelicDepth isSNV = isSNV广告 )) ################################################### ### 代码块5号:createFilteredFile ################################################### file.gz < -系统。file("extdata", "chr7-sub.vcf.gz", package="VariantAnnotation")文件(“extdata”、“chr7-sub.vcf.gz。tbi”,package="VariantAnnotation")。文件<- tempfile()表。filterVcf(tabix. gz, yieldSize=10000)文件,“hg19”,目标。文件、预=预过滤器=过滤器,verbose = TRUE ) ################################################### ### 代码块6号:mcf7regulatoryRegions ################################################### 库(AnnotationHub)中心< - AnnotationHub () id < -名字(查询(中心,“wgEncodeUwTfbsMcf7CtcfStdPkRep1.narrowPeak”))mcf7。gr < -中心[[尾巴(id、1 )]] ################################################### ### 代码块7号:findOverlaps ################################################### vcf < - readVcf(目的地。文件,"hg19") seqlevels(vcf) <-粘贴("chr", seqlevels(vcf), sep="") ov。mcf7 < - findOverlaps (vcf mcf7.gr ) ################################################### ### 代码块8号:locateVariant ################################################### 库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) txdb < - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene locateVariants(vcf[6,], txdb, allvariations ())