如何合并/标准化GatingSets

使用

groupByTree(x) checkRedundantNodes(x) dropRedundantNodes(x,toRemove) dropRedundantChannels(gs，…)

参数

x
'GatingSet'对象或组列表(每个组成员都是'GatingSet'的列表)

toRemove待移除的节点集列表。它的长度必须等于参数的长度x

.．.其他参数

删除冗余的叶/终端节点

叶节点二硝基酚而且DPT是冗余的分析和应该删除在合并之前。

隐藏非叶节点

单线态节点在第二棵树中不存在。但我们不能删除它，因为它将删除它的所有后代。我们可以隐藏它代替。

invisible(setNode(gs2， "singlets"， FALSE)) plot(gs2) plot(gs3)

注意，即使门控树看起来是一样的，但是单线态仍然存在，所以我们必须用相对路径（Path = "auto")而不是完整路径．

getNodes (gs2) [5] getNodes (gs3) [5]

# #[1]“/不是碎片/背心/ CD3 + / CD4/38 -博士+”# #[1]“不是碎片/ CD3 + / CD4/38 -博士+”

getNodes(gs3, path = "auto")[5] getNodes(gs3, path = "auto")[5]

## [1] " cd4/38 - dr +"

同构

这两棵树不完全相同由于不同的顺序的CD4而且CD8．然而，它们仍然是可合并的通过门控路径引用而不是通过数值指标

方便的合并包装

为了简化合并大量批次实验的过程，这里有一些内部包装要做到半自动．

按树结构分组

gs_groups <- groupByTree(gslist, gs2, gs3, gs4, gs5)

##按门控树分组…

长度(gs_groups)

[1] 4

这就把所有GatingSetS分成不同的组，每个组共享相同的树结构。这里有4组,

检查是否可以通过删除叶节点来解决差异

res <- try(checkRedundantNodes(gs_groups)， silent = TRUE) print(res[[1]])

[1] "错误在(函数(thisNodeSet, thisObj): \n不能删除非终端节点:singlets\n "

显然，非叶节点(单线态)检查失败，由用户决定是否隐藏该节点或保持该组分离，以免进一步合并。在这里，我们试图隐藏它。

对于(gp in gs_groups) plot(gp[[1]])

基于每个组的树形结构(通常没有像GatingSet对象本身)，我们将隐藏单线态为组2而且组4．

for(i in c(2,4)) for(gs in gs_groups[[i]]) invisible(setNode(gs， "singlets"， FALSE))

现在再检查一下.checkRedundantNodes

toRm <- checkRedundantNodes(gs_groups) toRm

[[1]] [1] " ccr7 + 45ra + " " ccr7 + 45ra - "

[[2]] [1] " dnt " " dpt "

[[3]]字符(0)

[[4]]字符(0)

基于此，可以通过删除来合并这些组

• CCR7 + 45 ra +而且CCR7 + 45 ra -从组1．
• 二硝基酚而且DPT从组2．

有时，通过简单地绘制整个门通树或查看这个简单的平面节点列表(特别是当某些组中缺少整个子树时)，可能很难检查和区分树差异。使用helper函数只可视化和突出显示树层次结构的差异是有帮助的plot_diff_tree

plot_diff_tree (gs_groups)

为了继续删除这些节点，.dropRedundantNodes可以用来代替手工做吗

dropRedundantNodes (gs_groups暴雨)

##去除CCR7+ 45RA+

##去除CCR7+ 45RA-

##删除DNT

##删除DPT

现在它们可以合并为一个GatingSetList．

GatingSetList (gslist)

一个包含5个唯一样本的GatingSetList。

移除冗余通道GatingSet

有时可能会有额外的渠道在一个数据集中，防止它与其他数据合并。如果这些通道没有被任何门使用，那么它们可以被安全地移除。

dropRedundantChannels (gs1)

## drop FSC-H, FSC-W， ， ，时间

一个带有1个样本的GatingSet