### R代码从小插图源'rSFFreader。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:选项 ################################################### 选项(宽度= 60 ) ################################################### ### 代码块2号:开场白 ################################################### 库(rSFFreader)图书馆(“xtable ") ################################################### ### 代码块3号:Reads454 ################################################### 设定触发器< - readSff(执行(“extdata”、“Small454Test.sff”,包= " rSFFreader ")) ################################################### ### 代码块数量4:x1 ################################################### sread(设定触发器)质量(设定触发器)头(设定触发器 ) ################################################### ### 代码块5号:ReadLengths ################################################### 嘘(宽度(设定触发器),xlab =“长度”,主要=粘贴(“使用“读取长度的柱状图,clipMode(设定触发器),“剪辑模式。”),休息时间= 100 ) ################################################### ### 代码块6号:clipmode ################################################### availableClipModes(设定触发器)clipMode(设定触发器)clipMode(设定触发器)< -“原始”嘘(宽度(设定触发器),xlab =“长度”,主要=粘贴(“使用“读取长度的柱状图,clipMode(设定触发器),“剪辑模式。”),休息时间= 100 ) ################################################### ### 代码块7号:红外 ################################################### customClip(设定触发器)< - IRanges(开始= 1,结束= 15)clipMode(设定触发器)< -“定制的”t =表(数量= as.character (sread(设定触发器 ))) ################################################### ### 代码块8号:texTable ################################################### xtable (as.table(表(数量= as.character (sread(设定触发器)))(表(as.character (sread(设定触发器)))> 2 ])) ################################################### ### 代码块9号:质量保证 ################################################### ## 生成一些QA情节:# #读长度直方图:par (mfrow = c (2, 2)) clipMode(设定触发器)< -“原始”嘘(宽度(设定触发器),休息时间= 500,坳=“灰色”,xlab =“长度”,主要=“原始读长度”)clipMode(设定触发器)< - - - - - -“全部”嘘(宽度(设定触发器),休息时间= 500,坳=“灰色”,xlab =“长度”,主要=“剪读取长度”)# #基地地块位置:clipMode(设定触发器)< -“原始”交流< - alphabetByCycle (sread(设定触发器),字母= c(“A”、“c”、“T”,“G”、“N”))ac.reads < -应用(ac 2笔)acf < -扫描(ac,保证金= 2,有趣= " / ",统计=应用(ac 2笔))matplot (cbind (T (acf), ac.reads / ac.reads[1]),坳= c(“绿”、“蓝”、“黑”、“红色”、“darkgrey”、“紫色”),类型=“l”,lty = 1, xlab =“基本立场”,ylab =“基础频率”,主要=“基本立场”)关口< - c(“绿色”、“蓝”、“黑”、“红色”、“darkgrey”、“紫色”)腿< - c(“A”、“c”、“T”,“G”、“N”,“%”)传说(“topright坳=关口,传说=腿,pch=18, cex=.8) clipMode(sff) <- "full" ac <- alphabetByCycle(sff)，字母表=c("A"，" c "，"T"，"G"，"N") ac.reads <- apply(ac,2,sum) acf <- sweep(ac,MARGIN=2,FUN="/"，STATS=apply(ac,2,sum)) matplot(cbind(T (acf)，ac.reads/ac.reads[1])，col=c("绿色"，"蓝色"，"黑色"，"红色"，"深灰色"，"紫色")，type="l"，lty=1,xlab="Base Position"，ylab="Base Frequency"， main="Base by Position") legend("topright"， col=cols, legend=leg, pch=18, cex=.8)