SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

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这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608．

智人的SNP位点(dbSNP Build 137)

Bioconductor版本:3.8

NCBI dbSNP Build 137提取的智人SNP位点及等位基因。用于此包的源数据文件由NCBI于2012年6月7-8日创建，包含映射到参考基因组GRCh37.p5的snp。警告:请注意，GRCh37。p5基因组是GRCh37的补丁版本，但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与UCSC的hg19基因组*相同*除了线粒体染色体。因此，该包中的snp可以被“注入”到bsgenome . hspiens . ucsc中。hg19，它们将降落在正确的位置，但这种注入将排除chrM(即没有任何东西将以该顺序注入)。重要提示:此包已弃用。请使用基于最新dbSNP BUILD的SNPlocs数据包(例如BUILD 144或BUILD 149)。你可以从R中调用BSgenome::available. snps()来获得可用的SNPlocs数据包列表。

作者:Herve Pages

维护:H. Pages

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，遗传学，Homo_sapiens
版本	0.99.11
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，IRanges，GenomicRanges，BSgenome(> = 1.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges，GenomicRanges，BSgenome
链接
建议	Biostrings，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	motifbreakR
链接到我

包档案

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源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608_0.99.11.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608/
软件包下载报告	下载数据