pasilla

DOI:10.18129 / B9.bioc.pasilla

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见pasilla．

数据包与每个外显子和每个基因的RNA-seq样本Pasilla敲除计数Brooks等，基因组研究2011。

Bioconductor版本:3.8

该软件包提供了从RNA-seq数据中选择的基因计算的每个外显子和每个基因的读取数，这些数据出现在Brooks an, Yang L, Duff MO, Hansen KD, Park JW, Dudoit S, Brenner SE, Graveley BR, Genome res 2011 Feb;21(2):193-202, Epub 2010 10月4日，PMID: 20921232中。本实验研究了哺乳动物NOVA1和NOVA2的黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)同源基因Pasilla的RNAi敲低对转录组的影响。包插图描述了这里提供的数据如何来自RNA-Seq读取序列数据，这些数据由NCBI基因表达Omnibus提供，登录号为GSM461176至GSM461181。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔，亚历杭德罗·雷耶斯

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。Ds在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pasilla")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pasilla”)

超文本标记语言	R脚本	数据预处理和数据对象pasillaGenes和pasillaExons的创建
PDF		参考手册

细节

biocViews	Drosophila_melanogaster_Data，ExperimentData，基因组，RNASeqData
版本	1.10.0
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.3.0)
进口
链接
建议	DEXSeq，rmarkdown，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	贝德，DESeq，DESeq2，DEXSeq，EnhancedVolcano，genefilter，IHWpaper，pasillaBamSubset，regionReport，ReportingTools
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	pasilla_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasilla
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pasilla
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pasilla/
软件包下载报告	下载数据