Aucell
doi：10.18129/b9.bioc.aucell
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅Aucell。
AUCELL：单细胞RNA-seq数据中“基因集”活性的分析（例如，用特定基因特征识别细胞）
生物导体版本：3.9
AUCELL允许在单细胞RNA-seq数据中鉴定具有活性基因集（例如特征，基因模块...）的细胞。AUCELL使用“曲线下的区域”（AUC）来计算输入基因集的临界子集是否在每个细胞的表达基因中富集。AUC分数在所有细胞中的分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排名的，因此AUCELL独立于基因表达单元和归一化过程。另外，由于单独评估单元格，因此可以轻松地将其应用于较大的数据集，并在需要时将表达式矩阵子集。
作者：Sara Aibar，Stein Aerts。计算生物学实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶。
维护者：sara aibar
引用（从r内，输入引用（“ Aucell”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ aucell”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Aucell”）
| html | R脚本 | AUCELL：识别具有活性基因集的细胞 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 基因表达，，，，基因烯，，，，正常化，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.6.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（2年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | |
| 进口 | Data.Table，图形，grdevices，gseabase， 方法，混音工具，，，，r.utils，，，，闪亮的，统计总结性特征，UTILS |
| 链接 | |
| 建议 | 生物酶，，，，生物使用，，，，DevTools，，，，DynamiCtreCut，，，，DT，，，，地球，，，，尼特，，，，NMF，，，，情节，，，，R2HTML，，，，rbokeh，，，，rmarkDown，，，，RTSNE，，，，测试，，，，动物园 |
| 系统要求 | |
| 增强 | DOMC，，，，Dorng，，，，多帕尔，，，，foreach |
| URL | http://scenic.aertslab.org |
| 取决于我 | |
| 进口我 | rcistarget |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | aucell_1.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | aucell_1.6.1.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | aucell_1.6.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aucell |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/aucell |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/aucell/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
