这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见BadRegionFinder.
Bioconductor版本:3.9
BadRegionFinder是一个包,用于在可用的bam文件中的序列对齐数据中识别坏的、可接受的和好的覆盖区域。整个基因组可以看作是一组目标区域。各种可视和文本类型的输出是可用的。
作者:Sarah Sandmann
维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>
引文(从R内,输入引用(“BadRegionFinder”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BadRegionFinder")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“BadRegionFinder”)
R脚本 | 使用BadRegionFinder | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,分类,报道,测序,软件,WholeGenome |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | |
进口 | VariantAnnotation,Rsamtools,biomaRt,GenomicRanges,S4Vectors, utils,统计,grDevices,图形 |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | BadRegionFinder_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | BadRegionFinder_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | BadRegionFinder_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BadRegionFinder |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BadRegionFinder |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/BadRegionFinder/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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