CAGEfightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEfightR

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CAGEfightR。

上限分析基因表达的分析使用Bioconductor(笼)数据

Bioconductor版本:3.9

笼是一种广泛使用的高通量分析测量转录起始站点(TSS)活动。CAGEfightR R / Bioconductor方案执行广泛的通用数据分析任务笼和5 '端数据。核心功能包括:进口笼TSS (ctss),标签(或单向)集群TSS识别、双向聚类为增强器识别、注释与成绩单和基因模型,相关的TSS和增强器表达式,计算TSS形状,笼子里表达的量化矩阵表达式和基因组浏览器可视化。

作者:马尔特Thodberg

维护人员:马尔特Thodberg < maltethodberg gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CAGEfightR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CAGEfightR”)

HTML	R脚本	介绍CAGEfightR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,报道,DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,GeneRegulation,GenomeBrowsers,归一化,PeakDetection,预处理,测序,软件,转录,转录组,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges(> = 1.30.1),rtracklayer(> = 1.38.2),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口	pryr(> = 0.1.3),为了(> = 0.2.0)、方法矩阵-12年(> = 1.2),Matrix.utils(> = 0.9.6),嗯……(> = 0.9.5),BiocGenerics(> = 0.24.0),S4Vectors(> = 0.16.0),IRanges(> = 2.12.0),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicFeatures(> = 1.29.11),BiocParallel(> = 1.12.0),GenomicFiles(> = 1.14.0),Gviz(> = 1.22.2),InteractionSet(> = 1.9.4),GenomicInteractions(> = 1.15.1)
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR
BugReports	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues
取决于我
进口我
建议我	CAGEWorkflow,纳米管
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	CAGEfightR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEfightR_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CAGEfightR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CAGEfightR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CAGEfightR/
包下载报告	下载数据