篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见篮球选手．

对CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据进行分析，以精确定位转录起始位点和启动子组挖掘

Bioconductor版本:3.9

CAGE测序数据的预处理，转录起始位点的鉴定和归一化，转录起始位点簇(启动子)的下游分析。

作者:Vanja Haberle < Vanja。在gmail.com haberle >

维护者:Vanja Haberle < Vanja。在gmail.com haberle >，Charles Plessy

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“篮球选手”)

超文本标记语言	R脚本	CAGEr:一个用于CAGE数据分析和启动子组挖掘的R包
超文本标记语言	R脚本	使用CAGEr使用CAGE资源
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，归一化，预处理，测序，软件，转录，可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法，R (>= 2.15.0)
进口	beanplot，BiocGenerics，BiocParallel，BSgenome，data.table，DelayedArray，formula.tools，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges(> = 1.23.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtools，IRanges(> = 2.5.27),KernSmooth，memoise，MultiAssayExperiment，plyr，Rsamtools，重塑，rtracklayer，S4Vectors，耶鲁大学管理学院，stringdist，stringi，SummarizedExperiment跑龙套,素食主义者，VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，DESeq2，FANTOM3and4CAGE，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	seqPattern
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CAGEr_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CAGEr_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/篮球选手
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CAGEr/
包下载报告	下载数据