可可
doi：10.18129/b9.bioc.cocoa
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅可可。
协调协方差分析
生物导体版本：3.9
可可是一种理解样品之间变异的方法，可以与包括基因组坐标（例如DNA甲基化）的数据一起使用。在高水平上，可可使用数据的“区域集”和主要组件分析（PCA）的数据库来识别样品之间的变化源。一个区域集是一组基因组区域，具有共有生物学注释的基因组区域，例如转录因子结合区域，组蛋白修饰区域或开放的染色质区域。可可在受监督的（已知的样本组）和无监督（无组）情况下工作，可以用作对“差异”方法的补充，这些方法在组之间发现离散差异。可可可以识别样品之间有意义的变化来源，并增加对数据变化的理解。
作者：约翰·劳森[AUT，CRE]，内森·谢菲尔德[aut]（http://www.databio.org）
维护者：约翰·劳森（John Lawson）
引用（从r内，输入引用（“可可”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cocoa”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“可可”）
| html | R脚本 | 可可工作流程 |
| html | R脚本 | 坐标协方差分析简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，DNAMETHYLATY，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，结肠管制，，，，基因数，，，，基因组变量，，，，免疫学，，，，甲基，，，，委托人，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（1年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5），基因组机 |
| 进口 | 生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，Data.Table，，，，GGPLOT2，，，，生物酶，统计，方法，复杂的图像，，，，米拉，，，，花花公子，网格，grdevices |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特， 平行，测试，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，AnnotationHub，，，，萝拉 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://code.databio.org/cocoa/ |
| BugReports | https://github.com/databio/cocoa |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Cocoa_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | 可可_1.2.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Cocoa_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cocoa |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/可可 |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/cocoa/ |
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