ChIPSeqSpike

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPSeqSpike

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPSeqSpike．

ChIP-Seq数据缩放根据峰值控制

Bioconductor版本:3.9

染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)用于在基因组尺度上确定任何感兴趣的蛋白质的结合位点，如转录因子或有或没有特定修饰的组蛋白。协议的许多步骤可能会引入偏差，使ChIP-Seq更定性而不是定量。例如，研究表明，传统的下游数据归一化技术无法捕捉到全局组蛋白修饰差异。一项案例研究报告了Ezh2抑制剂治疗后组蛋白H3赖氨酸-27三甲基(H3K27me3)没有差异。为了解决这个问题，使用外部峰值控制来跟踪条件之间的技术偏差。在该方案中插入来自不同非近亲物种的外源DNA，以推断实现精确归一化的比例因子，从而揭示抑制剂效应。ChIPSeqSpike为ChIP-Seq嵌入规范化提供了工具。准备使用缩放的bigwig文件和缩放因子值作为输出。ChIPSeqSpike还通过一组通用的图形功能，为ChIP-Seq嵌入评估和分析提供了工具。

作者:尼古拉斯·德斯科斯

维护人员:Nicolas Descostes

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ChIPSeqSpike”)

PDF	R脚本	ChIPSeqSpike
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，HistoneModification，ImmunoOncology，归一化，测序，软件，转录
版本	1.4.0
在Bioconductor公司	BioC 3.7 (R-3.5)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，rtracklayer(> = 1.37.6)
进口	工具,stringr，Rsamtools，GenomicRanges，IRanges，seqplots，ggplot2，迷幻药，corrplot，方法，统计，grDevices，图形，utils，BiocGenerics，S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPSeqSpike_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPSeqSpike_1.4.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPSeqSpike_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPSeqSpike
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPSeqSpike
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPSeqSpike/
软件包下载报告	下载数据