clumsid

doi:10.18129/b9.bioc.clumsid

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅clumsid

MS2光谱的聚类用于代谢物鉴定

生物导体版本:3.9

Clumsid是一种工具,可通过使用MS2光谱相似性和无监督的统计方法来帮助鉴定非目标LC-MS/MS分析中的特征。它提供功能,可提供从原始数据到可视化的完整和可定制的工作流程,并且与XMCS家族的预处理软件包可以插入。

作者:Tobias Depke [AUT,CRE],Raimo Franke [CTB],Mark Broenstrup [Ths]

维护者:tobias depke

引用(从r内,输入引用(“ clumsid”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ clumsid”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Clumsid”)

html R脚本 clumsid di-ms/ms教程
html R脚本 Clumsid GC-EI-MS教程
html R脚本 Clumsid Lowres教程
html R脚本 Clumsid mtbls教程
html R脚本 Clumsid教程
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 聚类,,,,代谢组学,,,,预处理,,,,软件
版本 1.0.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(<6个月)
执照 麻省理工学院 +文件许可证
要看 R(> = 3.6)
进口 MZR,,,,S4VECTORS,,,,dbscan,,,,rcolorbrewer,,,,,,,,网络,,,,ggally,,,,GGPLOT2,,,,情节,方法,utils,stats,sna,grdevices,图形,生物酶,,,,GPLOTS,,,,MSNBase
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,dplyr,,,,readr,,,,Stringr,,,,马格里特,,,,clumsiddata,,,,metams,,,,metamsdata,,,,XCMS
系统要求
增强
URL https://github.com/tdepke/clumsid
BugReports https://github.com/tdepke/clumsid/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 clumsid_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制 clumsid_1.0.0.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) clumsid_1.0.0.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clumsid
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/clumsid
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/clumsid/
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