CrispRVariants

DOI:10.18129 / B9.bioc.CrispRVariants

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见CrispRVariants．

用于计算和可视化目标位置突变的工具

Bioconductor版本:3.9

crisprvariations提供了分析CRISPR-Cas9突变测序实验结果的工具，或其他测序实验，其中特定区域内的变异是感兴趣的。这些工具允许用户针对任何基因组位置(例如Cas9切割位点)定位变异等位基因组合，绘制等位基因组合，并通过灵活过滤不相关变体计算突变率。

作者:海伦·林赛[aut, cre]

维护者:Helen Lindsay < Helen。Lindsay在uzh.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" crisprvariations ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CrispRVariants”)

PDF	R脚本	CrispRVariants
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR，DataRepresentation，GeneticVariability，GenomicVariation，ImmunoOncology，软件，VariantDetection，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5)，ggplot2(> = 2.2.0)
进口	AnnotationDbi，BiocParallel，Biostrings、方法、GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges， grDevices，网格，gridExtra，IRanges，reshape2，Rsamtools，S4Vectors(>= 0.9.38)， utils
链接
建议	BiocStyle，gdata，GenomicFeatures，knitr，rmarkdown，rtracklayer，sangerseqR，testthat，VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CrispRVariants_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	CrispRVariants_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CrispRVariants_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CrispRVariants
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ crisprvariables
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CrispRVariants/
软件包下载报告	下载数据