DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见DMRcate．

甲基化阵列和测序空间分析方法

Bioconductor版本:3.9

使用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中从头鉴定和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。

作者:蒂姆·彼得斯

维护人员:Tim Peters

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DMRcate")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包使用指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，遗传学，GenomeAnnotation，MethylationArray，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，质量控制，软件，TimeCourse，TwoChannel
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(5.5年)
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.3.0)，minfi，DSS，DMRcatedata
进口	limma，missMethyl，GenomicRanges，并行，方法，图形，plyr，Gviz，IRanges，统计，utils，S4Vectors
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	冠军，methylationArrayAnalysis
进口我	餐
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRcate_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	DMRcate_1.19.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DMRcate_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcate
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRcate/
软件包下载报告	下载数据