剂量

doi:10.18129/b9.bioc.dos

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅剂量

疾病本体论语义和富集分析

生物导体版本:3.9

该软件包分别实现了Resnik,Schlicker,Jiang,Lin和Wang提出的五种方法,用于测量DO术语和基因产品之间的语义相似性。还实施了包括高几何模型和基因集富集分析在内的富集分析,以发现高通量生物学数据的疾病关联。

作者:广琴Yu [AUT,CRE],Li-Gen Wang [CTB],Vladislav Petyuk [CTB],Giovanni Dall'olio [CTB]

维护者:gmail.com> guangchuang yu

引用(从r内,输入引用(“剂量”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ dose”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“剂量”)

html R脚本 01剂量语义相似性分析
html R脚本 剂量
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,基因烯,,,,多重组合,,,,途径,,,,软件,,,,可视化
版本 3.10.2
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(8年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4.0)
进口 AnnotationDbi,,,,生物比较,,,,do.db,,,,fgsea,,,,GGPLOT2,,,,Gosemsim(> = 2.0.0),方法,QVALUE,,,,RESHAPE2,,,,S4VECTORS,统计,utils
链接
建议 Prettydoc,,,,clusterProfiler,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,测试
系统要求
增强
URL https://guangchuangyu.github.io/software/dose
BugReports https://github.com/guangchuangyu/dose/issues
取决于我
进口我 生物加工者,,,,clusterProfiler,,,,碎片器,,,,EEGC,,,,富集,,,,gdcrnatools,,,,,,,,Mageckflute,,,,网眼,,,,mirsponge,,,,mirsponger,,,,MOONLIGHTR,,,,途径图,,,,Reactomepa,,,,rnaseqr,,,,sctensor
建议我 Gosemsim
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 dose_3.10.2.tar.gz
Windows二进制 dose_3.10.2.2
Mac OS X 10.11(El Capitan) dose_3.10.2.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dose
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/剂量
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/dose/
软件包下载报告 下载统计

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