该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅剂量。
生物导体版本:3.9
该软件包分别实现了Resnik,Schlicker,Jiang,Lin和Wang提出的五种方法,用于测量DO术语和基因产品之间的语义相似性。还实施了包括高几何模型和基因集富集分析在内的富集分析,以发现高通量生物学数据的疾病关联。
作者:广琴Yu [AUT,CRE],Li-Gen Wang [CTB],Vladislav Petyuk [CTB],Giovanni Dall'olio [CTB]
维护者:gmail.com> guangchuang yu
引用(从r内,输入引用(“剂量”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ dose”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“剂量”)
html | R脚本 | 01剂量语义相似性分析 |
html | R脚本 | 剂量 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 注解,,,,基因烯,,,,多重组合,,,,途径,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 3.10.2 |
在生物导体中 | Bioc 2.9(R-2.14)(8年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 3.4.0) |
进口 | AnnotationDbi,,,,生物比较,,,,do.db,,,,fgsea,,,,GGPLOT2,,,,Gosemsim(> = 2.0.0),方法,QVALUE,,,,RESHAPE2,,,,S4VECTORS,统计,utils |
链接 | |
建议 | Prettydoc,,,,clusterProfiler,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://guangchuangyu.github.io/software/dose |
BugReports | https://github.com/guangchuangyu/dose/issues |
取决于我 | |
进口我 | 生物加工者,,,,clusterProfiler,,,,碎片器,,,,EEGC,,,,富集,,,,gdcrnatools,,,,林,,,,Mageckflute,,,,网眼,,,,mirsponge,,,,mirsponger,,,,MOONLIGHTR,,,,途径图,,,,Reactomepa,,,,rnaseqr,,,,sctensor |
建议我 | Gosemsim |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | dose_3.10.2.tar.gz |
Windows二进制 | dose_3.10.2.2 |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | dose_3.10.2.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dose |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/剂量 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/dose/ |
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