GenomeInfoDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomeInfoDb

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomeInfoDb。

公用事业公司操纵染色体的名字,包括修改他们遵循一个特定的命名风格

Bioconductor版本:3.9

包含数据和函数定义,允许翻译不同染色体序列命名约定(例如,“chr1”和“1”),包括一个函数,它试图序列名称在自然,而不是字典式的秩序。

作者:Sonali Arora,马丁·摩根,马克•卡尔森h .页面

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomeInfoDb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomeInfoDb”)

PDF	R脚本	GenomeInfoDb: GenomeInfoDb概论
PDF	R脚本	GenomeInfoDb GenomeInfoDb:提交你的生物体
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		简单的任务genomeInfoDb

细节

biocViews	注释,DataRepresentation,遗传学,GenomeAnnotation,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.1),方法,BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12)
进口	统计数据、stats4跑龙套,RCurl,GenomeInfoDbData
链接
建议	GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,BSgenome,GenomicFeatures,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,RUnit,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	BSgenome,bumphunter,ChIPComp,食典委,CSAR,eQTL,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomicTuples,gmapR,groHMM,HelloRanges,htSeqTools,IdeoViz,methyAnalysis,MTseeker,Rsamtools,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37,VariantAnnotation,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38
进口我	AllelicImbalance,高山,amplican,AneuFinder,AnnotationHubData,annotatr,ATACseqQC,BaalChIP,舞会礼服,BasicSTARRseq,biovizBase,BiSeq,bnbc,分歧点,breakpointR,BSgenome,bsseq,CAGEfightR,篮球选手,卡斯珀,CexoR,chimeraviz,ChIPanalyser,chipenrich,chipenrich.data,ChIPexoQual,ChIPpeakAnno,ChIPseeker,chromstaR,chromVAR,CINdex,cleanUpdTSeq,cn.mops,cn,CNPBayes,CNVPanelizer,CNVRanger,compEpiTools,consensusSeekeR,conumee,CopyNumberPlots,文案,CrispRVariants,csaw,customProDB,位深蓝,derfinder,derfinderPlot,DEScan2,diffHic,diffloop,DMRScan,dmrseq,DominoEffect,easyRNASeq,埃尔默,enrichTF,ensembldb,ensemblVEP,epigenomix,epivizrData,epivizrStandalone,erma,esATAC,EventPointer,exomeCopy,fitCons.UCSC.hg19,FunChIP,funtooNorm,GA4GHclient,GA4GHshiny,gcapc,genbankr,geneAttribution,GenoGAM,genomation,genomeIntervals,GenomicFiles,GenomicInteractions,GenomicScores,genoset,genotypeeval,GenVisR,ggbio,GGtools,gQTLstats,grasp2db,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,gwascat,h5vc,的热图,HiCBricks,HiTC,HTSeqGenie,ima,InPAS,InteractionSet,IsoformSwitchAnalyzeR,iva,karyoploteR,ldblock,MACPET,MADSEQ,MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5,MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,MafDb.TOPMed.freeze5.hg19,MafDb.TOPMed.freeze5.hg38,微波激射器,metagene,metagene2,metavizr,methimpute,methInheritSim,methylKit,methylPipe,methylumi,methyvim,minfi,MinimumDistance,马赛克,motifbreakR,motifmatchr,msgbsR,MTseekerData,multiHiCcompare,MutationalPatterns,myvariant,NADfinder,NarrowPeaks,normr,诊断,OMICsPCA,ORFik,Organism.dplyr,panelcn.mops,phastCons100way.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg38,phastCons7way.UCSC.hg38,π,pipeFrame,plyranges,podkat,婴儿车,prebs,profileplyr,ProteomicsAnnotationHubData,PureCN,qpgraph,qsea,QuasR,R3CPET,r3Cseq,RaggedExperiment,RareVariantVis,Rariant,Rcade,美国广播公司,rCGH,重新计票,地区,regionReport,REMP,Repitools,RiboProfiling,riboSeqR,RJMCMCNucleosomes,咆哮,RTCGAToolbox,rtracklayer,scmeth,颈背,segmentSeq,SeqArray,seqCAT,seqplots,seqsetvis,sevenC,SGSeq,ShortRead,SNPchip,SNPhood,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,SNPlocs。