该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅HDF5Array。
生物导体版本:3.9
实现HDF5Array和TenxMatrix类,2个方便且内存效率的类似阵列的容器,用于HDF5数据集的盘表示。HDF5Array适用于使用常规(即密度)HDF5表示的数据集。Tenxmatrix用于使用10倍基因组学(例如130万个脑细胞数据集)的基于HDF5的稀疏基质表示的数据集。这两个容器都是延迟的扩展,它们都支持延迟的对象支持的所有操作。这些操作可以延迟或进行阻止处理。
作者:HervéPagès
维护者:fredhutch.org上的hervépagès
引用(从r内,输入引用(“ HDF5Array”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ hdf5array”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 注解,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,datarepresentation,,,,基因数,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件 |
版本 | 1.12.3 |
在生物导体中 | Bioc 3.3(R-3.3)(3。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 3.4),方法,延迟(> = 0.9.3),RHDF5(> = 2.25.6) |
进口 | UTIT,工具,生物基因(> = 0.25.1),S4VECTORS,,,,iranges |
链接 | S4VECTORS(> = 0.21.6),Rhdf5lib |
建议 | H5VCDATA,,,,总结性特征(> = 1.9.6),基因组机,,,,实验室,,,,tenxbraindata,,,,生物比较,,,,GenomicFeatures,,,,生物使用 |
系统要求 | gnu做 |
增强 | |
URL | |
取决于我 | Genogam,,,,tenxbraindata,,,,tenxpbmcdata |
进口我 | BSSEQ,,,,簇发酵,,,,策展,,,,延迟的matrixstats,,,,液滴,,,,HCADATA,,,,loomexpermiment,,,,Minfi,,,,NetSmooth,,,,Scmeth |
建议我 | Biocsklearn,,,,延迟,,,,mbkmeans,,,,多亚sayExexperiment,,,,斯克兰,,,,总结性特征 |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | hdf5array_1.12.3.3.tar.gz |
Windows二进制 | HDF5Array_1.12.3.3.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | hdf5array_1.12.3.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hdf5array |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/hdf5array |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/hdf5array/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |